La chiesa a una navata con il tetto a capriata scoperta fu costruita nel 1401 su munificenza di Frangola Giustinian. Ingloba, nel sottosuolo, i resti della chiesa duecentesca, a sua volta costruita su un edificio a due vani. I reperti duecenteschi sono parzialmente visibili attraverso le apposite grate.
L'assetto architettonico del presbiterio è della seconda metà del '400. Quattrocenteschi sono, però, solo l'arco trionfale, l'abside e la cupola (quest'ultime demolite quasi del tutto nel '600 e ripristinate nel 1961-1963). Duecentesca è invece la volumetria: vivente S. Francesco l'area del presbiterio era spazio aperto (sub diu), delimitato sui due lati, a destra dalla torre campanaria, e a sinistra dall'abitacolo detto oratorio di s. Francesco. Dopo la canonizzazione del santo (1228), lo spazio venne chiuso e strutturato a cappella, di cui sussistono, oltre ai due muri laterali ad essa preesistenti, l'imposta dell'architrave del tetto, il basamento dell'altare in altinelle e alcuni corsi della parete di fondo, pure in altinelle, demolita nella seconda metà del '400 per dare posto all'abside. Nel '600 vennero apportate le seguenti modifiche in chiesa: nel 1609, abbattuta la parte superiore della facciata, fu ricostruita in modo da ottenere, allungato il tetto di una capriata, all'interno il coro pensile dei frati, all'esterno il porticato. Nel 1629, risultato inidoneo il coro pensile, demolite quasi interamente l' abside e la cupola, fu eretto sul retro del presbiterio un secondo coro (i resti di questo manufatto, abbattuto negli anni venti, sono visibili dall'esterno sul retro della chiesa).

The church has one nave and its uncovered trussed roof was built in 1401 through the munificence of Frangola Giustinian. It incorporates the remains of the 13th Century church in the subsoil, which was built in its turn on a tworoomed building. The 13th Century remains are partially visible through the special grates.
The architectural layout of the presbytery dates from the second half of the 15th Century. However, only the arch of triumph, the apse and the cupola are from the 15th Century (the latter two were almost entirely demolished in the 17th Century before being restored in 1961 -1963). The building's size, on the other hand, goes back to the 13th Century: during St. Francis life the presbytery area was an open space (sub diu), bordered on the right by the bell tower and on the left by the habitacle known as the oratory of St. Francis. After the Saint was canonised in 1228 the space was closed and structured as a chapel. Along with the two side walls which predate it, remains of the chapel can be seen in the architrave impost of the roof, the altar base in altinelle and some parts of the end wall, also in altinelle, which was demolished in the second half of the l5th Century in order to make room for the apse. In the 17th Century the following alterations were made to the church: in 1609 the upper part of the facade was demolished and rebuilt and the roof extended by a truss, in order to add the friars'hanging chancel on the inside and the portico on the outside. In 1629 with the hanging chancel deemed unfit and the apse and cupola being almost entirely demolished, a second chancel was erected at the back of the presbytery (the remains of this structure, which was demolished in the twenties, are visible from the outside at the back ofthe church).